L’innumerevole ricchezza naturale del giardino della Villa si riflette nella sua vasta quantità e varietà di specie di piante. Un patrimonio già di per se unico, che caratterizza ancora di più Villa Rufolo come opera d’immenso spessore culturale e naturalistico. Qui si seguito è presente un piccolo excursus delle varietà floreali e arboree presente nel giardino:
Pinus pinea
Il pino domestico (Pinus pinea, L. 1753) è l'albero più tipico delle zone circostanti al mar Mediterraneo, in particolare sulle coste settentrionali, dove forma vasti boschi (pinete) e regala un'ombra molto gradita nel clima caldo e afoso dell'estate mediterranea.
Cupressus sempervirens
Il cipresso mediterraneo è una pianta molto comune in Italia, ma molto probabilmente non è autoctono nonostante oggi rappresenti una specie caratteristica della penisola. Le sue origini sembrerebbero essere dell'area orientale del mar Mediterraneo importato dai Fenici per motivi ornamentali dal momento che la sua forma piramidale è molto caratteristica.
Abies alba
Abies Alba, detto anche abete comune abezzo o avezzo, è una pianta appartenente al genere Abies, tipica delle foreste e delle montagne dell'emisfero boreale. Tale pianta, assieme al raro abete dei Nebrodi (Abies nebrodensis), è uno dei due unici abeti spontanei del nostro territorio. L'abete bianco è un albero maestoso, slanciato e longevo, e data anche la sua notevole altezza (50-60 metri), è considerato "il principe dei boschi".
Ficus pumila
Il Ficus repens o Ficus stipulata appartenente alla famiglia delle Moraceae e proveniente dalla zona del sud-est asiatico è un vigoroso rampicante con foglie cordate, piccole e di colore verde scuro. Possiede radici aeree con le quali aderisce alle superfici. Si adatta bene in cesti appesi oppure nelle coperture vegetali dei giardini interni. Molto bella e decorativa è la varietà caratterizzata dalle foglie verdi bordate di bianco.
Tilia platyphyllos
Il tiglio nostrale o tiglio nostrano, diffuso nell'Europa continentale e nel Caucaso, è un albero che raggiunge i 40 m d’altezza , a foglie caduche, cuoriformi, a margine seghettato, con la pagina inferiore pubescente, con ciuffetti di peli biancastri negli angoli delle nervatura, che a maggio-giugno portano all'ascella i fiori profumati, forniti di brattea, di colore bianco-giallastro e riuniti in infiorescenze pendenti formate da 2-5 fiori ermafroditi, i frutti sono piccole capsule con costole sporgenti, ed endocarpo duro e legnoso.
Hydrangea anomala
L'Hydrangea comunemente chiamata ortensia, è una pianta legnosa arbustiva della famiglia delle Hydrangeaceae originaria della Cina e del Giappone, la specie Hydrangea macrophilla hybrida comprende numerose varietà con grosse infiorescenze globose bianche, rosa e rosse, utilizzate per la produzione in vaso o nei giardini.
Altre specie del genere Hydrangea sono l'H. paniculata arbusto con ramificazioni sottili e decombenti sotto il peso delle piccole infiorescenze bianche, è coltivata a forma di alberetto o cespuglio e si moltiplica per talea e l'H. arborescens arbusto con foglie decidue e fiori profumati. Fu introdotta in Europa nel XVIII secolo dal naturalista Philibert Commerson.